1、申请单位填写《申请书》后，同准备的其他的条件一起提交到上级主管部门或所在地的
省（区、市）国防科技工业管理部门或地市级以上保密行政管理部门。
2、经审核同意后，方可向有关审查认证机构提出正式申请。
2.1、须经其上级主管部门审核的主要是指教育部、工业和信息化部、中国科学院、军工集团公司所属企事业单位。
2.2、其他企事业单位，报所在地省（区、市）国防科技工业管理部门或所在地的地市级以上保密行政管理部门审核。
3、审核。包括三方面内容：
3.1、《申请书》的填写是否符合《办法》规定,填写内容是否属实；
3.2、申请单位是否符合《办法》规定的基本条件，申请材料是否符合有关规定；
3.3、申请的保密资格等级是否以承担的科研生产项目或产品涉及的最高密级为准。
4、审核部门经审核后，对是否同意申请提出审核意见，加盖印章，并退送申请单位。
5、申请单位将审核同意的《申请书》直接报送到有关军工保密资格认证委，正式提出申请。其中，申请一级保密资格的单位直接将《申请书》报送到国家军工保密资格认证委，申请二级、三级保密资格的单位直接将《申请书》报送到所在地省（区、市）军工保密资格认证委。
6、国家或省（区、市）军工保密资格认证委收到申请单位《申请书》后，交由国家或省（区、市）军工保密资格认证办，由其组织书面审查，在10个工作日内作出是否受理的决定。
6.1、对不符合要求的，不予受理，并向申请单位书面说明理由，将申请材料退回申请单位。
6.2、对决定受理的单位，将在30个工作日内组成现场审查组进行现场审查。
7、现场审核后，经商议会给出审核意见。
7.1、审核不通过，申请单位按照审核意见进行整改。
7.2、审核通过，等待发证。
8、取得保密资格证书。
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是国家批准的一项涉密行政审批工作，是企事业单位承担涉密武器装备科研生产任务的必要条件。
申请保密资格的前提条件。特殊情况下，对不具有法人资格的单位，须由国家军工保密资格认证委审批。
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